В 1996 году линейка Прадо претерпела существенные изменения и, в результате этого, был выпущен абсолютно новый автомобиль - Toyota Land Cruiser Prado 90, который продержался на конвейере 5 лет практически без изменений.

Toyota Land Cruiser Prado 90 получил обновленные бампера, светотехнику, решетку бампера и плавные линии кузова. Интерьер также претерпел некоторые изменения – была обновлена передняя панель, добавилось управление вторым отопителем и кондиционером, в салоне появились декоративные элементы «под дерево», а в дверях стали монтироваться вставки из велюра.

Полноприводные внедорожники Toyota Land Cruiser Prado 90 выпускались в трех- и пятидверном вариантах с двумя двигателями – бензиновым V6 объемом 3,4-литра мощностью 185 л.с. и 2,9-литровым дизелем с интеркулером мощностью 140 л.с.

Toyota Land Cruiser Prado 90 имеют рамную конструкцию. Передняя подвеска – независимая пружинная на двойных поперечных рычагах, а сзади устанавливается цельный мост с пружинами и реактивными тягами.